Организован в 1987 г. оперным режиссером Юрием Александровым. 1 января 1991 получил современный статус и название. Гастролировал в Финляндии, Швейцарии, США, Германии, Польше, Швеции, Москве и других городах России. Участник Фестиваля русской музыки в Финляндии, музыкального фестиваля Musiksommer в Швейцарии, Фестиваля искусств «Белые ночи» в Санкт-Петербурге.

В 1997 театр организовал и провел фестиваль музыки Гаэтано Доницетти, на котором впервые в России был исполнен «Реквием» итальянского композитора. Награжден премиями «Золотая Маска» и «Золотой софит». В день 300-летия Санкт-Петербурга премьерой малоизвестной оперы Г. Доницетти «Петр Великий царь всея Руси, или же Плотник из Ливонии» отрылась собственная сцена театра (особняк барона фон Дервиза). Труппа «Санктъ-Петербургъ оперы» отличается молодостью. Это не только выпускники Санкт-Петербургской консерватории им. Н.А. Римского-Корсакова, но и молодые таланты, которых Юрий Александров умеет находить по всей России. С 2000 по 2012 в театре были поставлены такие разнообразные спектакли, как: оперетта Оффенбаха «Прекрасная Елена», оперы Пуччини «Джанни Скикки», «Тоска», «Чио-Чио-сан» и «Сестра Анжелика», опера Доницетти «Лючия ди Ламмермур», театральная провокация Юрия Александрова на музыку Мусоргского «Борис Годунов. Версия соучастника» и др.

За последние десятилетие Театр «Санктъ-Петербургъ Опера» обзавёлся обширным и разнообразным репертуаром. Среди его спектаклей — шедевры Пуччини («Джанни Скикки», «Тоска», «Чио-Чио-сан»), «Прекрасная Елена» Оффенбаха, опера «Лючия ди Ламмермур» Гаэтано Доницетти, а также провокационное театральное произведение самого Александрова «Борис Годунов. Версия соучастника», основанное на музыке М. П. Мусоргского.

Каждый новый спектакль театра становится значимым событием в культурной жизни Петербурга. Его горячо обсуждают критики в печатных статьях, а зрители не могут оставаться равнодушными, ведь оперные спектакли в постановке Юрия Александрова звучат современно и актуально. В каждом сезоне театр номинируется на «Золотую маску» и другие престижные театральные премии.